De KZM vergadert tweemaal per jaar, eenmaal in het voorjaar, eenmaal in de herfst, afwisselend in Brussel en in Gent. Het programma bestaat telkens uit een algemene vergadering (met o.m. een plenaire lezing, van 10h00 tot 11h00) en aansluitend van 11h00 tot 13h00 de sectievergaderingen. Binnen iedere sectie worden referaten (met discussie) gehouden.

Om de drie jaar organiseert de Zuid-Nederlandse een interdisciplinair colloquium. Het laatste colloquium ging door op 21 oktober 2006 en was gewijd aan het thema "Informatiedrager als informant". De acten worden integraal gepubliceerd in de Handelingen.

De Prijs van de Zuid-Nederlandse wordt om de twee jaar uitgeschreven voor wetenschappelijke publicaties die in het Nederlands zijn gesteld. Per beurtrol komen hiervoor studies in aanmerking op het gebied van de taalkunde, letterkunde, geschiedenis en klassieke studies in aanmerking. De Prijs van de Zuid-Nederlandse wil geen gevestigde carrieres van gerenommeerde wetenschappers bekronen, maar heeft een aanmoedigingskarakter en richt zich in de eerste plaats op verdienstelijke, jonge navorsers (Reglement van de Prijs van de Zuid-Nederlandse).

Deelname aan de vergaderingen van de Zuid-Nederlandse, al dan niet met lezing, komt in aanmerking voor de invulling van de doctoraatsopleiding.